Theo hướng dẩn tại các thông tư #0070c0;">129/2008/TT-BTC#0070c0;"> và #0070c0;">130/2008/TT-BTC#0070c0;"> thì :
Doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc không thực hiện hạch toán kế toán (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) đóng trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì phải nộp thuế GTGT và thuế TNDN tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất và địa phương nơi đóng trụ sở chính.
Thuế GTGT : phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất. Số thuế GTGT người nộp thuế đã nộp cho cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế tại địa phương nơi đóng trụ sở chính.
Thuế TNDN :Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.
