Thuế GTGT đối với hàng tiêu dùng nội bộ

    Kính nhời Luật sư tư vấn giúp vấn đề như sauL
    Công ty tôi có thực hiện kinh doanh một số mặt hàng nhựa đường, trụ bơm, thiết bị xăng dầu. Khi thực hiện các công tác sửa chữa nâng cấp cơ sở vật chất (đường bải), thiết bị công nghệ, xây dựng mới cửa hàng ... Để thuận tiện, Công ty đã mua nội bộ các hàng hóa mà Công ty đang kinh doanh để dùng vào công tác sữa chữa, nâng cấp, đầu tư mới nêu trên (không phải mua ngoài). Theo qui định của TT 129 ngày 26/12/2009 thì khi Công ty xuất tiêu nội bộ thì phải lập hóa đơn GTGT và tính thuế GTGT như bán hàng thông thường. Như vậy trong trường hợp này khi sử dụng các hàng hóa đó vào công tác sửa chửa, đầu tư ...  Công ty có được khấu trừ thuế đầu vào đối với hóa đơn mà Công ty xuất bán nội bộ không? Nếu được thì thủ tục thanh toán như thế nào để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (vì thường giá trị mổi lần xuất bán thường lớn hơn 20 triệu đồng).
Rất mong được giúp đở