Căn cứ theo Quyết định 746/QĐ-TCT ngày 20/4/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quá trình kiểm tra thuế:
- Kiểm tra, xác minh về hàng hoá: Hợp đồng mua bán hàng hoá (nếu có); hình thức giao nhận hàng hoá; địa điểm giao nhận hàng hoá; phương tiện vận chuyển hàng hoá; chi phí vận chuyển hàng hoá; chủ sở hữu hàng hoá và nguồn gốc hàng hoá (trước thời điểm giao nhận hàng hoá).
- Kiểm tra xác minh về thanh toán: Ngân hàng giao dịch; đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch; số lần thực hiện giao dịch; hình thức thanh toán; chứng từ thanh toán. Không thực hiện hoàn thuế đối với:
+ Chứng từ thanh toán từ tài khoản vãng lai của khách hàng nước ngoài mở tại tổ chức tín dụng được phép hoạt động ở Việt Nam không đáp ứng đầy đủ các quy định tại Thông tư 26/2015/TT-BTC , hoặc có chứng từ thanh toán qua ngân hàng nhưng không đảm bảo đầy đủ các thông tin, nội dung ghi trên chứng từ theo quy định của Ngân hàng Nhà nước.
+ Chứng từ thanh toán bằng hối phiếu từ tài khoản ngân hàng nước ngoài qua tổ chức tín dụng được phép hoạt động ở Việt Nam mà trên hối phiếu không có đầy đủ các thông tin của khách hàng nước ngoài theo hợp đồng xuất khẩu, không có thông tin đầy đủ về người mua hàng hoặc thông tin không phù hợp với hợp đồng xuất khẩu,cụ thể:
1) Tên và số hiệu của chứng từ;
2) Ngày, tháng, năm lập chứng từ;
3) Tên, địa chỉ, số Chứng minh nhân dân/Hộ chiếu, số hiệu tài khoản của người trả (hoặc chuyển) tiền; Tên, địa chỉ của ngân hàng phục vụ người trả (hoặc người chuyển) tiền;
4) Tên, địa chỉ, số Chứng minh nhân dân/Hộ chiếu, số hiệu tài khoản của người thụ hưởng số tiền trên chứng từ; Tên, địa chỉ của ngân hàng phục vụ người thụ hưởng,
5) Số lượng, đơn giá và số tiền của nghiệp vụ kinh tế, tài chính ghi bằng số; tổng số tiền của chứng từ kế toán dùng để thu, chi tiền phải ghi bằng số và bằng chữ (trường hợp thông tin về "số lượng, đơn giá" của nghiệp vụ kinh tế phát sinh đã được thể hiện rõ tại hóa đơn bán hàng, hợp đồng mua bán, tờ khai hàng hóa xuất khẩu) có liên quan thì người trả (hoặc người chuyển) tiền phải ghi rõ "Thanh toán cho hóa đơn mua hàng (hoặc hợp đồng mua bán, hoặc tờ khai hàng hóa xuất khẩu) số ... ngày ..." có liên quan tại phần thông tin “Nội dung nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh" để thay thế cho thông tin “số lượng, đơn giá" của nghiệp vụ kinh tế phát sinh);
6) Nội dung nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh (tổ chức tín dụng phải ghi rõ theo thông tin do bên trả tiền cung cấp);
7) Chữ ký, họ và tên của người lập, người duyệt và những người liên quan đến chứng từ kế toán...).
- Kiểm tra xác minh về xuất khẩu hàng hoá: việc kiểm tra, rà soát tính hợp lệ, tính chính xác của chứng từ hoàn thuế; cũng như công tác kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế cho hàng hóa xuất khẩu đối với Tờ khai hải quan xuất khẩu thì cơ quan Thuế phải tra cứu hồ sơ hải quan trên cơ sở dữ liệu do cơ quan Hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế ban hành kèm theo Quyết định số 2413/QĐ-BTC ngày 23/11/2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Trường hợp không có đủ các thông tin theo hướng dẫn về trách nhiệm của cơ quan Hải quan và các thủ tục kèm theo quy định tại Luật Hải quan thì không được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng.
Qua kiểm tra nếu xác định việc mua bán hàng hoá là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo thẩm quyền. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.
Đồng thời yêu cầu doanh nghiệp cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.
