Người nhập khẩu trên tờ khai hải quan không trùng với tên người mua hàng trên hợp đồng

    Kính chào Thư viện pháp luật!
    Tôi có 1 số vấn đề nan giải sau đây. Kính mong các luật sư hãy tư vấn và tìm giúp tôi cách giải quyết hợp lý nhất. 
    Công ty chúng tôi có ký kết hợp đồng kinh tế với công ty A (1 cty nước ngoài có trụ sở tại Việt nam). Khi chúng tôi giao hàng cho Công ty A, Công ty A lại bán lô hàng của chúng tôi cho công ty B. và cho chúng tôi hướng dẫn giao hàng cho công ty B. Nhân viên làm thủ tục Xuất khẩu của chúng tôi, do sơ suất, khi mở tờ khai hải quan đã đăng ký người nhập khẩu là công ty B, thay vì là công ty A như trên hợp đồng. Bây giờ thì hàng đã xuất cảng và đã thanh lý tờ khai. Tôi không biết làm sao để xuất hóa đơn GTGT khi mà người nhập khẩu trên tờ khai alị là công ty khác. Và nếu không xuất hóa đơn GTGT thì tôi không thanh lý được hợp đồng này. Vậy tôi làm sao để chúng minh lô hàng trên, công ty tôi đã bán cho công ty A (chứ không phải công ty B)? Và như thế tôi có thể xuất hóa đơn GTGT được hay không? Nếu được thì tôi phải làm cách nào? 
    Kính mong Thư viện pháp luật hãy cho tôi lời giải đáp sớm nhất!
    Xin chân thành cám ơn!