lương và phụ cấp, trả lương theo thời gian

Xin giúp công ty tôi hiểu chính xác được không. Công ty tôi là công ty 100% vốn nước ngoài, ngành may mặc. Công ty tôi có 2 vấn đề đang thắc mắc:
1/ Theo nghị định 114/2002/NĐ-CP, TT 28/2007-BLĐTBXH thì mức lương tối thiểu vùng cao hơn 5% cho ngành nghề nguy hiểm, nặng nhọc, độc hại. Nhưng không nói rõ doanh nghiệp có thể đưa phụ cấp đó vào lương cơ bản hay tách ra trả riêng. Trong thang bảng lương và HĐLĐ, nội quy lao động công ty tôi có nói rõ ngoài mức lương cơ bản thì Công nhân làm ở vị trí nặng nhọc độc hại sẽ hưởng thêm 5% phụ cấp độc hại. Như vậy công ty tôi đúng không?
2/ Công ty chọn tính lương theo thời gian, lương HĐ: 26: 8x giờ làm. Nhưng nay có khách hàng cho rằng các thàng (đặc biệt tháng Hai) chỉ có 24 hay 25 ngày công đủ thì phải tính lương HĐ: 24/25: 8x giờ thực (chỉ với Công nhân đi đủ cả tháng). Vậy là công ty dùng 2 cách tính lương trong cùng một thời gian, có lợi cho công nhân nhưng vô lý với doanh nghiệp. Xin hỏi công ty tôi nên xử lý thế nào, có điều luật nào hỗ trợ chúng tôi không?