Trong trường hợp HTX dịch vụ nông nghiệp thì cần phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 2 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp 2008 thì hợp tác xã cũng phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
Tuy nhiên, trường hợp hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp có thu nhập từ hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp thì được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013.
Về việc nộp thuế giá trị gia tăng vì anh không cung cấp rõ dịch vụ nông nghiệp bao gồm những hoạt động chủ yếu nào nên anh tham khảo các trường hợp sau:
- Trường hợp hợp tác xã mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào thì không phải chịu thuế giá trị gia tăng (Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng 2008);
- Trường hợp cung cấp dịch vụ thu hoạch sản phẩm nông nghiệp cũng không chịu thuế giá trị gia tăng (Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng 2008);
- Đối với dịch vụ đào đắp, nạo vét kênh, mương, ao hồ phục vụ sản xuất nông nghiệp; nuôi trồng, chăm sóc, phòng trừ sâu bệnh cho cây trồng; sơ chế, bảo quản sản phẩm nông nghiệp thì chịu thuế suất 5% (khoản 2 Điều 8 Luật thuế giá trị gia tăng 2008);
- Ngoài các trường hợp trên sẽ áp dụng thuế suất 10% (khoản 3 Điều 8 Luật thuế giá trị gia tăng 2008)
Trường hợp thuộc đối tượng nộp thuế GTGT thì vẫn phải nộp tờ khai GTGT hằng quý.
