Về trường hợp chị nêu thì đúng là hiện tại chưa có quy định hướng dẫn cụ thể (quy định trong điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC, sửa đổi ở Thông tư 130/2016/TT-BTC chỉ hướng dẫn hoàn khi không phát sinh doanh thu trong giai đoạn đầu tư), do đó cơ quan thuế đang lúng túng trong việc trả lời - chính vì thế mà họ đã phải hỏi Tổng cục Thuế để yêu cầu hướng dẫn (như thông tin chị nêu).
Trong trường hợp này thì công ty cần đợi cơ quan thuế trả lời thì mới có hướng giải quyết.
Về thời gian trả lời của cơ quan thuế thì nếu theo Quyết định 2220/QĐ-TCT năm 2015 thì thời gian trả lời bình thường của Tổng cục Thuế đối với việc tham gia ý kiến với các Vụ/đơn vị là 1-2 ngày, trường hợp phức tạp là 3 ngày (mục 1 phần V).
Tuy nhiên, trên thực tế thì thời gian này còn dài hơn rất nhiều - ít nhất là thêm 7 ngày chuyển phát nội dung trả lời (khi sử dụng dịch vụ phát bưu phẩm của bưu điện), chưa kể nếu việc này bị chuyển thành dạng hỏi "chính sách chế độ thuộc thẩm quyền của Tổng cục Thuế" thì thời gian sẽ kéo dài đến 10-15 ngày (chưa bao gồm thời gian chuyển phát công văn trả lời).
Còn trong thời gian này, tạm thời chị có thể tham khảo văn bản sau và làm việc với cục thuế để đề nghị họ xem xét, áp dụng tương tự cho đơn vị:
Công văn 5123/TCT-KK năm 2016 về hoàn thuế giá trị gia tăng dự án đầu tư do Tổng cục Thuế ban hành:
"Trường hợp Công ty đang trong giai đoạn đầu tư và có phát sinh hoạt động sản xuất thử thì công ty kê khai số thuế GTGT đầu vào của hoạt động đầu tư trên tờ khai 02/GTGT; kê khai doanh thu phát sinh hoạt động sản xuất thử vào tờ khai 01/GTGT và phải bù trừ số thuế số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phát sinh trên tờ khai 01/GTGT. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp trên tờ khai 01/GTGT. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư."
Theo công văn này thì trường hợp như công ty chị vẫn có thể được hoàn thuế.
