Thứ nhất, thuế suất GTGT đối với hàng nông sản
Quy định tại khoản 1 Điều 4, khoản 5 Điều 5 và khoản 5 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC. Cụ thể thuế suất đối với hàng nông sản (gồm sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản) được áp dụng như sau:
- Các sản phẩm nông sản do tổ chức, cá nhân tự sản xuất và sơ chế: thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT;
- Hàng nông sản sơ chế thông thường được bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại: Thuộc các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT;
- Sản phẩm nông sản sơ chế thông thường bán cho các đơn vị, cá nhân khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại: Chịu thuế suất 5%.
Thứ hai, về việc khấu trừ thuế đầu vào
"Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này."
=> Theo đó, trường hợp có chịu thuế nếu đủ các điều kiện trên thì được khấu trừ GTGT đầu vào.
Thứ ba, về việc hóa đơn đầu vào hàng nông sản có được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
"Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:
a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
b) Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
c) Khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:
2.4. Chi phí của doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ (không có hóa đơn, được phép lập Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01/TNDN kèm theo Thông tư số 78/2014/TT-BTC) nhưng không lập Bảng kê kèm theo chứng từ thanh toán cho người bán hàng, cung cấp dịch vụ trong các trường hợp:
- Mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản của người sản xuất, đánh bắt trực tiếp bán ra;
- Mua sản phẩm thủ công làm bằng đay, cói, tre, nứa, lá, song, mây, rơm, vỏ dừa, sọ dừa hoặc nguyên liệu tận dụng từ sản phẩm nông nghiệp của người sản xuất thủ công không kinh doanh trực tiếp bán ra;
- Mua đất, đá, cát, sỏi của hộ, cá nhân tự khai thác trực tiếp bán ra;
- Mua phế liệu của người trực tiếp thu nhặt;
- Mua tài sản, dịch vụ của hộ, cá nhân không kinh doanh trực tiếp bán ra;
- Mua hàng hóa, dịch vụ của cá nhân, hộ kinh doanh (không bao gồm các trường hợp nêu trên) có mức doanh thu dưới ngưỡng doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng (100 triệu đồng/năm).
Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ do người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền của doanh nghiệp ký và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực. Doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ được phép lập Bảng kê và được tính vào chi phí được trừ.
Các khoản chi phí này không bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Trường hợp giá mua hàng hóa, dịch vụ trên bảng kê cao hơn giá thị trường tại thời điểm mua hàng thì cơ quan thuế căn cứ vào giá thị trường tại thời điểm mua hàng, dịch vụ cùng loại hoặc tương tự trên thị trường xác định lại mức giá để tính lại chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế."
