Do trường hợp bạn đề cập chưa thể hiện rõ nên mình được hiểu như sau, theo thông tin bạn chia sẻ, đại lý xuất hóa đơn cho Công ty, đây được hiểu là hóa đơn đầu vào của Công ty, tuy nhiên Công ty không có hóa đơn đầu ra, nên bạn muốn không kê khai hóa đơn đầu vào.
Theo quy định tại Điều 15, Thông tư 219/2013/TT-BTC, để được khấu trừ, hóa đơn đầu vào cần đáp ứng những tiêu chí sau:
- Phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào;
- Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
Từ quy định trên có thể xác định, kê khai hóa đơn đầu vào là điều kiện để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp. Ngoài ra cũng không có quy định nào bắt buộc doanh nghiệp phải kê khai hóa đơn đầu vào. Do đó, có hóa đơn đầu vào nhưng không kê khai không phải là hành vi trái pháp luật.
Tuy nhiên, trong trường hợp không kê khai hóa đơn đầu vào sẽ khiến doanh nghiệp gặp nhiều rủi ro như:
- Có thể bị xử phạt khi không thể xuất trình hoặc chứng minh nguồn gốc, xuất xứ cho hàng hóa, dịch vụ đã mua trong trường hợp làm mất hóa đơn đầu vào khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra.
- Có thể bị xử phạt trốn thuế trong trường hợp không kê khai hóa đơn đầu vào và bị cơ quan thuế chứng minh rằng đây là hành động trốn doanh thu.
Trong trường hợp bạn muốn tiếp tục kê khai hóa đơn đầu vào, thì có thể thực hiện kê khai bổ sung. Cụ thể theo Khoản 8 Điều 14 Thông tư 219/2013/TT- BTC quy định thời hạn kê khai hóa đơn đầu vào như sau:
“Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”
Như vậy, thời hạn kê khai hóa đơn GTGT đầu vào không bị giới hạn thời gian như quy định cũ, nhưng phải trước khi cơ quan thuế có quyết định thanh tra, kiểm tra thuế, do đó bạn hoàn toàn có thể kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào từ Quý 2.