Đóng thuế chước bạ cho xe ôt tô

- Công ty chúng tôi có mua 1 chiếc xe innova vào cuối năm 2008 (lúc làm giấy tờ xe thì đã đóng thuế chước bạ 5%).
- Tháng 4/2/2009 được cấp GPKD mới thay đổi tên công ty và có thay đổi một thành viên công ty (tên công ty mới: là công ty TNHH Sunjin-Acenet, tên cũ công ty là công ty Acenet). Nhưng giấy tờ xe vẫn là tên công ty cũ, không thay đổi theo giấy phép mới. 
- Tháng 5/2009 công ty bán xe innova cho một công ty Việt Nam. Công ty tôi có xuất hóa đơn đỏ, và làm thủ tục thay đổi giấy tờ xe sang tên công ty Sunjin-Acenet, sau đó công ty Việt Nam sẽ làm thủ tục sang tên cho công ty họ. 
- Khi đi làm thủ tục thì cục thuế quận và thuế TP trả lời là công ty chúng tôi Sunjin-Accenet phải đóng thuế chước bạ 5%. Lý do là vì công ty có thay đổi một thành viên mới trên giấy phép mới. Nếu công ty chỉ thay đổi tên mà không thay đổi thành viên thì không phải đóng thuế
Xin hỏi có điều luật nào của chính phủ quy định việc này không?