Doanh nghiệp không làm thủ tục hải quan theo đúng thời hạn quy định tại Điều 25 Luật hải quan 2014 sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính theo Điều 6 Nghị định 45/2016/NĐ-CP.
Việc vi phạm về thủ tục hải quan có thuộc diện kiểm soát cao (luồng đỏ) hay không, cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào tiêu chí đánh giá việc tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp như tần suất vi phạm pháp luật hải quan và pháp luật thuế; tính chất, mức độ vi phạm pháp luật hải quan và pháp luật thuế; việc hợp tác với cơ quan hải quan trong thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan và chấp hành các quyết định khác của cơ quan hải quan (khoản 1 Điều 14 Nghị định 08/2015/NĐ-CP). Từ đó cơ quan hải quan sẽ phân loại mức độ rủi ro trong hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh được thực hiện (Điều 15 Nghị định 08/2015/NĐ-CP).
Theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP, nếu hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu của các chủ hàng nhiều lần vi phạm pháp luật Hải quan, hàng hóa thuộc diện miễn kiểm tra thực tế nhưng cơ quan hải quan phát hiện có dấu hiệu vi phạm qua phân tích thông tin của cơ quan, thì hàng hóa đó sẽ buộc phải tiến hành kiểm tra thực tế (Tùy trường hợp, có thể kiểm tra bằng máy móc hoặc thủ công). Và vì vậy, hàng hóa lúc này hiển nhiên được phân vào nhóm luồng đỏ, với các biện pháp kiểm tra cẩn trọng hơn.
Việc vi phạm về thời hạn thủ tục hải quan của doanh nghiệp là lần đầu vi phạm và vì thế có thể doanh nghiệp sẽ không rơi vào trường hợp kiểm soát cao, tuy nhiên doanh nghiệp cần hợp tác với cơ quan hải quan trong việc thực hiện thủ tục kiểm tra giám sát hải quan.
Cần căn cứ vào việc kiểm tra chi tiết hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa của cơ quan hải quan theo quy định tại mục 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC.
