Tại Điều 15 Nghị định 41/2018/NĐ-CP về quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán độc lập quy định như sau:
"Điều 15. Xử phạt hành vi vi phạm quy định về bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán
1. Phạt cảnh cáo đối với một trong các hành vi sau:
a) Đưa tài liệu kế toán vào lưu trữ chậm từ 12 tháng trở lên so với thời hạn quy định;
b) Không sắp xếp tài liệu kế toán đưa vào lưu trữ theo trình tự thời gian phát sinh và theo kỳ kế toán năm.
2. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau:
a) Lưu trữ tài liệu kế toán không đầy đủ theo quy định;
b) Bảo quản tài liệu kế toán không an toàn, để hư hỏng, mất mát tài liệu trong thời hạn lưu trữ;
c) Sử dụng tài liệu kế toán trong thời hạn lưu trữ không đúng quy định;
d) Không thực hiện việc tổ chức kiểm kê, phân loại, phục hồi tài liệu kế toán bị mất mát hoặc bị hủy hoại.
3. Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau:
a) Hủy bỏ tài liệu kế toán khi chưa hết thời hạn lưu trữ theo quy định của Luật kế toán nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự;
b) Không thành lập Hội đồng tiêu hủy, không thực hiện đúng phương pháp tiêu hủy và không lập biên bản tiêu hủy theo quy định khi thực hiện tiêu hủy tài liệu kế toán."
Theo quy định trên thì trong trường hợp doanh nghiệp chị làm mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN (chứng từ khấu trừ thuế TNCN có thể được xem như là tài liệu kế toán) thì sẽ bị phạt với số tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng.
