Về vấn đề của bạn, sau khi nghiên cứu một số quy định liên quan mình xin chia sẻ như sau:
Do có vận chuyển qua Đài Loan nhưng bạn không nêu rõ mục đích vận chuyển là gì nên bạn lưu ý về điều kiện để được hưởng ưu đãi của CO Form E tại Thông tư 12/2019/TT-BCT:
Điều 11. Vận chuyển trực tiếp
1. Hàng hóa được hưởng ưu đãi thuế quan nếu đáp ứng đầy đủ những quy định tại Thông tư này và phải được vận chuyển trực tiếp từ Nước thành viên xuất khẩu tới Nước thành viên nhập khẩu.
2. Trường hợp sau được coi là vận chuyển trực tiếp từ Nước thành viên xuất khẩu tới Nước thành viên nhập khẩu:
a) Hàng hóa được vận chuyển trực tiếp từ một Nước thành viên xuất khẩu tới Nước thành viên nhập khẩu; hoặc
b) Hàng hóa được vận chuyển qua một hoặc nhiều Nước thành viên khác hoặc qua một Nước không phải là thành viên và đáp ứng các điều kiện sau:
- Quá cảnh là cần thiết vì lý do địa lý hoặc do yêu cầu về vận tải;
- Hàng hóa không tham gia vào giao dịch thương mại hoặc tiêu thụ tại đó;
- Hàng hóa không trải qua bất kỳ công đoạn gia công, chế biến nào khác ngoài việc dỡ hàng và bốc lại hàng hoặc những công đoạn cần thiết để bảo quản hàng hóa trong điều kiện tốt.
Căn cứ theo quy định trên, nếu nếu đáp ứng điều kiện tại Điều 11 nêu trên thì được xem là vận chuyển trực tiếp để hưởng thuế suất ưu đãi của CO Form E. Ở đây có hai vấn đề là: Taiwan có phải là lãnh thổ của Trung Quốc hay không thì hiện mình không rõ. Việc xác định có phải hay không sẽ ảnh hưởng điều kiện xác định vận chuyển trực tiếp theo Khoản 1 hoặc Khoản 2 Điều nêu trên. Để chính xác thì bạn nên liên hệ cơ quan hải quan để được giải đáp chính xác về vấn đề này.
Còn về vấn đề vận chuyển đường biển hay đường hàng không thì không có sự phân biệt với nhau, tại cảng biển hay cảng hàng không đều có cơ quan hải quan làm các thủ tục nhập khẩu.
