Đất chưa đăng kí theo Chỉ thị 299-TTg có hợp pháp hay không?

Em có một thắc mắc về quyết định của UBNN huyện Núi Thành chứng nhận quyền sử dụng đất.
Trước năm 1975, gia đình nhà ngoại em sống trên một mảnh đất rộng khoảng 1300 mét vuông (Giấy tờ mua đất hiện đã thất lạc). Mảnh đất lúc đó đứng tên bà ngoại em vẫn giờ vẫn có tên trong sổ mục kê nhưng chưa đăng kí theo chỉ thị 299 TTg.
Từ sau năm 1975, một số thành viên trong gia đình tách ra ở riêng (lấy vợ hoặc chồng) và vẫn còn một số tiếp tục sống chung với ba mẹ.
Ông ngoại em mất sớm để lại bà ngoại nuôi 10 người con. Đến năm 1988 do bệnh nặng bà ngoại em qua đời (không để lại di chúc) - Lúc đó trong gia đình vẫn còn cậu Cường (áp út) và mẹ em (út) sinh sống và quản lý mảnh đất đó. Đến năm 1989 mẹ em chuyển công tác về Vĩnh Điện (lấy chồng). Một mình cậu Cường ở lại trông nhà thờ tộc và mảnh đất đó.
Đến năm 1992 thì cậu Cường lấy vợ là bà Hường và 2 người tiếp tục sống trên mảnh đất đó. Năm 1994 không biết bằng cách nào mà cậu Cường tôi đã đăng kí được sổ đỏ mảnh đất đó và đứng tên một mình cậu. Mọi chuyện tưởng như êm xuôi.
Năm 2000, một tai nạn giao thông bất ngờ đã xảy ra. Một chiếc xe bồn do tài xế điều khiển ngủ gật đã tông vào nhà thờ tộc và làm sụp đổ hoàn toàn. Khoảng tiền đền bù 70 triệu được cậu em dùng để xây lại một căn nhà mới nhưng chưa xây lại nhà thờ tộc và hứa sẽ xây lại.
Đến năm 2004 thì cậu Cường mất vì một tai nạn giao thông đáng tiếc. Gia đình chúng tôi hết sức bàng hoàng và không đả động gì đến khoảng tiền 70tr đó mà tự quyên góp để xây dựng nhà thờ ngay trên mảnh đất đó nhưng bà Hường không đồng ý. Bà Hường gọi dân phòng đến và cấm không cho chúng tôi xây dựng nhà thờ.
Năm 2008 chúng tôi tiến hành khởi kiện bà Hường ra tòa nhưng không hiểu sao tòa án cứ khất hết lần này đến lần khác rồi đợi sang năm 2009 mới xử - Đến thời điểm này thì theo em được biết là Luật đã có những thay đổi và nhà em phải kiện lại bên thủ tục hành chính.
Năm 2009 nhà em tiến hành kiện sổ Đỏ cậu Cường tôi làm không có giá trị (Trong sổ đỏ không hề có ghi ngày tháng chỉ ghi năm - Cậu Cường tôi cũng không ghi rõ số CMND trong đó)
Đoàn thanh tra Huyện đã tiến hành điều tra và đưa ra kết luận công nhận mảnh đất đó là của cậu Cường tôi.
Mấu chốt vấn đề là ban thanh tra nói mảnh đất đó có trong sổ mục kê nhưng chưa đăng kí theo chỉ thị 299TTg
Vậy cho em hỏi thanh tra huyện giải quyết như vậy có hợp tình hợp lý hay không? Mảnh đất ông bà tổ tiên để lại giờ thành của người dưng. Ông bà không có chốn an nghỉ? Rất mong các bác Luật sư có thể giúp em làm rõ vấn đề này! Em xin cảm ơn!