Về việc anh nêu thì trước tiên anh vui lòng làm rõ: "nhà thầu nước ngoài" mà anh nêu là ai ? Có phải là thương nhân nước ngoài thực hiện gói thầu (xây dựng ?) ở Việt Nam hay không? Nếu là đối tượng này vậy thì việc chuyển tiền mà anh nêu ra "chuyển trả lại số tiền mà công ty mẹ ở nước ngoài đã tạm ứng trước khi trúng thầu" hơi vô lý: về tính chất thì đây là số tiền mà công ty mẹ chi ra để thực hiện các hoạt động có liên quan nhằm tham gia đấu thầu, để trúng thầu, chứ nó không liên quan trực tiếp đến hoạt động của nhà thầu nước ngoài nhằm thực hiện gói thầu ở Việt Nam. Và như thế thì nó không thể dùng để tính chi phí của nhà thầu nước ngoài này.
(Nhà thầu nước ngoài có thể tính chi phí của họ theo quy định về kế toán của nước họ, chứ không phải đưa chi phí này vào chi phí thực hiện gói thầu).
Về việc chuyển tiền từ nhà thầu nước ngoài về công ty mẹ thì về bản chất đó là việc chuyển tiền trong nội bộ của một pháp nhân (nhà thầu nước ngoài chính là một bộ phận của công ty mẹ, chứ không phải là pháp nhân riêng biệt - do đó việ c chuyển tiền này chỉ là luân chuyển trong nội bộ pháp nhân). Và vì đó là việc luân chuyển nội bộ do đó nó không có phát sinh thuế nhà thầu.
(Thuế nhà thầu theo Thông tư 103/2014/TT-BTC phát sinh khi thương nhân nước ngoài có thu nhập ở Việt Nam, còn ở đây chỉ là chuyển tiền nội bộ thì không có thu nhập).
Còn về việc thanh toán lương cho chuyên gia nước ngoài như thế nào thì nó phụ thuộc vào lựa chọn của công ty (cả công ty mẹ và nhà thầu ở Việt Nam), việc này pháp luật không hạn chế. Vấn đề đặt ra chỉ là: nếu như nhà thầu nước ngoài trả lương NLĐ thì nhà thầu này sẽ khấu trừ thuế TNCN trước khi chi trả. Còn nếu như NLĐ nhận lương trực tiếp từ công ty mẹ (ở nước ngoài) thì họ sẽ phải tự kê khai thuế TNCN:
Theo Thông tư 111/2013/TT-BTC thì:
Điều 26. Khai thuế, quyết toán thuế
...
2. Khai thuế đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công, từ kinh doanh
a) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế bao gồm:
a.2) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công do các tổ chức, cá nhân trả từ nước ngoài thực hiện khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quý.
...
8. Khai thuế đối với cá nhân không cư trú có thu nhập phát sinh tại Việt Nam nhưng nhận thu nhập ở nước ngoài
a) Cá nhân không cư trú có thu nhập phát sinh tại Việt Nam nhưng nhận tại nước ngoài khai thuế theo lần phát sinh. Riêng cá nhân không cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công phát sinh tại Việt Nam nhưng nhận tại nước ngoài khai thuế theo quý.
b) Cá nhân không cư trú có thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng vốn (bao gồm cả chuyển nhượng chứng khoán) phát sinh tại Việt Nam nhưng nhận thu nhập tại nước ngoài thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh hướng dẫn tại khoản 3, khoản 4, khoản 5 Điều này.