Theo đó, trình tự kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế năm 2023 được thực hiện như sau:
(1) Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo kế hoạch được duyệt
Bước 1: Kiểm tra hồ sơ thuế:
Trên cơ sở Danh sách người nộp thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đã được ký duyệt, Tổ kiểm tra thực hiện kiểm tra các nội dung rủi ro cao theo phân tích, đánh giá khi lập kế hoạch:
- Việc kiểm tra các nội dung rủi ro để xác định số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, số tiền thuế được hoàn theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:
+ Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.
+ Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có).
+ Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) của kỳ kê khai trước.
+ Đối chiếu với các dữ liệu của người nộp thuế có quy mô kinh doanh tương đương, có cùng ngành nghề, mặt hàng đăng ký kinh doanh.
+ Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập được từ các nguồn khác (nếu có).
- Kết thúc kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT ban hành kèm theo quy trình này đối với các nội dung đã thực hiện kiểm tra:
+ Đối với các hồ sơ chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro: Lập danh sách hồ sơ chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro cùng phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
+ Thực hiện Bước 2 sau đây đối với các hồ sơ có rủi ro.
Trường hợp ứng dụng có hỗ trợ thì thực hiện in nhận xét hồ sơ thuế trên ứng dụng.
Bước 2: Xử lý kết quả kiểm tra và ra thông báo (lần 1) đối với hồ sơ thuế có rủi ro:
- Ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế: Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế đối với hồ sơ thuế có rủi ro cho các tổ kiểm tra theo mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này.
- Trên cơ sở Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.
Các hồ sơ thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo phân công, chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế, của Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế, hồ sơ rủi ro cao khác được thực hiện kiểm tra như đối với trường hợp rủi ro cao theo hướng dẫn tại khoản 1.2, khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình này để xác định nội dung yêu cầu giải trình.
(2) Kiểm tra hồ sơ thuế theo Ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ
Trình tự kiểm tra, lựa chọn người nộp thuế rủi ro cao bằng ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ cho một loại hồ sơ thuế (Ứng dụng kiểm tra hồ sơ thuế giá trị gia tăng tại trụ sở quan thuế và các ứng dụng hỗ trợ kiểm tra khác).
Bước 1: Kiểm tra hồ sơ thuế:
- Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra để kiểm tra, lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao.
- Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế phải in nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT kèm theo Quy trình này đối với hồ sơ thuế rủi ro cao.
Trên cơ sở hồ sơ thuế rủi ro cao, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế đối chiếu, so sánh với chính sách thuế, hồ sơ liên quan, thực tế quản lý, ... xét thấy không rủi ro hoặc rủi ro không cao thì ghi nhận xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế lưu hồ sơ và chịu trách nhiệm về kết quả kiểm tra của mình.
Bước 2: Xử lý kết quả kiểm tra, xác định trường hợp ra thông báo (lần 1):
- Đối với các hồ sơ thuế có tổng điểm rủi ro cao thực hiện Lập danh sách trên ứng dụng để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
- Danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm này không phụ thuộc danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.2 Mục II Phần II Quy trình. Tuy nhiên, cần kết hợp với kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra và danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại các ứng dụng khác để thực hiện, đảm bảo tránh trùng lặp trong kiểm tra. Thứ tự ưu tiên thực hiện khi có trùng lặp:
(1) danh sách thuộc kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
(2) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình.
(3) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm b khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình.
- Danh sách người nộp thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phải được Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt theo mẫu số 01/QTKT cùng Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế cho từng Tổ kiểm tra thuế (mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).
- Trên cơ sở Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.
