Chào bạn,
Việc công ty bạn đã thực hiện (xuất hóa đơn cho Công ty A) là hành động đúng theo quy định tại điểm d khoản 7 điều 5 của Thông tư 219/2013/TT-BTC như trích dẫn bên dưới.
Cơ sở kinh doanh không phải kê khai, nộp thuế trong các trường hợp sau:
a) Góp vốn bằng tài sản để thành lập doanh nghiệp. Tài sản góp vốn vào doanh nghiệp phải có: biên bản góp vốn sản xuất kinh doanh, hợp đồng liên doanh, liên kết; biên bản định giá tài sản của Hội đồng giao nhận vốn góp của các bên góp vốn (hoặc văn bản định giá của tổ chức có chức năng định giá theo quy định của pháp luật), kèm theo bộ hồ sơ về nguồn gốc tài sản.
b) Điều chuyển tài sản giữa các đơn vị hạch toán phụ thuộc trong doanh nghiệp; điều chuyển tài sản khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. Tài sản điều chuyển giữa các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc trong cơ sở kinh doanh; tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thì cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải có lệnh điều chuyển tài sản, kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản và không phải xuất hóa đơn.
Trường hợp tài sản điều chuyển giữa các đơn vị hạch toán độc lập hoặc giữa các đơn vị thành viên có tư cách pháp nhân đầy đủ trong cùng một cơ sở kinh doanh thì cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải xuất hóa đơn GTGT và kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định, trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 6 Điều này.
c) Thu đòi người thứ 3 của hoạt động bảo hiểm.
d) Các khoản thu hộ không liên quan đến việc bán hàng hóa, dịch vụ của cơ sở kinh doanh.
đ) Doanh thu hàng hóa, dịch vụ nhận bán đại lý và doanh thu hoa hồng được hưởng từ hoạt động đại lý bán đúng giá quy định của bên giao đại lý hưởng hoa hồng của dịch vụ: bưu chính, viễn thông, bán vé xổ số, vé máy bay, ô tô, tàu hoả, tàu thủy; đại lý vận tải quốc tế; đại lý của các dịch vụ ngành hàng không, hàng hải mà được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%; đại lý bán bảo hiểm.
e) Doanh thu hàng hóa, dịch vụ và doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng từ hoạt động đại lý bán hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT.
Theo quan điểm của mình, bạn nên trao đổi lại với phía Công ty B về phương án giải quyết thích hợp hơn. Trên thực tế, nếu thực hiện theo đề xuất của Công ty B thì xét về mức độ rủi ro thì Công ty B có khả năng gánh chịu hậu quả nặng nề nhất (bị ghi nhận doanh thu từ Công ty A trong khi chi phí thanh toán cho công ty của bạn bị loại) và tiếp đến là Công ty A (chi phí thanh toán cho Công ty B bị loại).
