Tại điểm a Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC quy định về đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng vãng lai trong trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh mà giá trị công trình xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh bao gồm cả thuế GTGT từ 1 tỷ đồng trở lên, và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.
Như vậy, trường hợp công trình xây dựng vãng lai ngoại tỉnh bên Chị có giá trị bao gồm cả thuế GTGT từ 1 tỷ đồng trở lên thì thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng vãng lai tại địa phương đó.
Về tỷ lệ nộp và hồ sơ nộp được quy định tại điểm e Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC quy định như sau:
“[...] e) Sửa đổi Khoản 6 Điều 11 như sau:
“6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản 1 Điều này.
a) Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% trên doanh thu hàng hoá chưa có thuế giá trị gia tăng với cơ quan Thuế quản lý địa phương nơi có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.[...]”
Về hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với Cơ quan thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
Đồng thời, khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.
Như vậy, người nộp thuế sẽ nộp thuế tại cơ quan quản lý thuế trực tiếp của địa phương nơi có công trình đang xây dựng. Thông thường tờ khai vãng lai sẽ được nộp cho cơ quan thuế quản lý bên chủ đầu tư của dự án, tuy nhiên doanh nghiệp nên liên hệ với cục thuế nơi phát sinh hoạt động vãng lai để xác định cơ quan thuế nhận tờ khai.
Về việc khấu trừ thuế vãng lai: Theo Khoản 1 Điều 2 Thông tư 26/2015/TT-BTC:
"[..] d) Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế GTGT đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh được trừ vào số thuế GTGT phải nộp theo tờ khai thuế GTGT của người nộp thuế tại trụ sở chính.”
Như vậy, số tiền thuế GTGT vãng lai mà doanh nghiệp đã nộp tại ngoại tỉnh sẽ được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính.
Bên cạnh đó, theo Công văn 49012/CT-HTr năm 2016 (tham khảo) của Cục thuế TP Hà Nội có hướng dẫn: “Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng ngoại tỉnh công ty kê khai vào chỉ tiêu 39 trên tờ khai 01/GTGT để thực hiện bù trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính."
Nên theo đó, số tiền thuế GTGT vãng lai đã thực nộp doanh nghiệp kê khai vào phụ lục 01-5/GTGT trên tờ khai 01/GTGT tại trụ sở chính. Số tiền từ phụ lục 01-5/GTGT sẽ tự động chuyển lên chỉ tiêu [39] trên tờ khai 01/GTGT. Lưu ý: đã nộp tiền thì mới được kê khai khấu trừ tại phụ lục 01-5/GTGT.
