Về vấn đề này mình xin góp ý như sau:
Theo quy định tại Luật Quốc tịch Việt Nam 2008 có nêu:
Điều 16. Quốc tịch của trẻ em khi sinh ra có cha hoặc mẹ là công dân Việt Nam
...
2. Trẻ em khi sinh ra có cha hoặc mẹ là công dân Việt Nam còn người kia là công dân nước ngoài thì có quốc tịch Việt Nam, nếu có sự thỏa thuận bằng văn bản của cha mẹ vào thời điểm đăng ký khai sinh cho con. Trường hợp trẻ em được sinh ra trên lãnh thổ Việt Nam mà cha mẹ không thỏa thuận được việc lựa chọn quốc tịch cho con thì trẻ em đó có quốc tịch Việt Nam.
...
Điều 19. Điều kiện được nhập quốc tịch Việt Nam
1. Công dân nước ngoài và người không quốc tịch đang thường trú ở Việt Nam có đơn xin nhập quốc tịch Việt Nam thì có thể được nhập quốc tịch Việt Nam, nếu có đủ các điều kiện sau đây:
a) Có năng lực hành vi dân sự đầy đủ theo quy định của pháp luật Việt Nam;
b) Tuân thủ Hiến pháp và pháp luật Việt Nam; tôn trọng truyền thống, phong tục, tập quán của dân tộc Việt Nam;
...
2. Người xin nhập quốc tịch Việt Nam có thể được nhập quốc tịch Việt Nam mà không phải có các điều kiện quy định tại các điểm c, d và đ khoản 1 Điều này, nếu thuộc một trong những trường hợp sau đây:
a) Là vợ, chồng, cha đẻ, mẹ đẻ hoặc con đẻ của công dân Việt Nam;
Căn cứ các quy định trên và đối chiếu với thông tin mà anh cung cấp thì việc con của em gái anh đã đăng ký khai sinh nước ngoài nên không thuộc trường hợp được xem là có quốc tịch Việt Nam do không có thỏa thuận chọn Quốc tịch Việt Nam của bố mẹ khi làm thủ tục đăng ký khai sinh. Theo quy định của pháp luật Việt Nam thì phải làm thủ tục đăng ký khai sinh trong vòng 60 ngày sau khi đứa trẻ được sinh ra. Việc khi đứa trẻ sinh ra, hai vợ chồng em gái anh đã đăng ký khai sinh cho bé tại nước ngoài, quá thời hạn trên nên có cơ sở để không áp dụng được quy định về chọn quốc tịch tại Điều 16.
Mặt khác, việc nhập quốc tịch cho con của em gái anh sẽ không thực hiện được do phải đáp ứng điều kiện "Có năng lực hành vi dân sự đầy đủ theo quy định của pháp luật Việt Nam", điều kiện này đồng nghĩa là con của em gái anh trước tiên phải từ đủ 18 tuổi trở lên (theo quy định tại Điều 20 Bộ Luật dân sự 2015). Do đó, con của em gái anh không thể có quốc tịch Việt Nam lúc này. Em gái anh có thể liên hệ cơ quan đại diện nước Việt Nam tại quốc gia sở tại nhằm tìm hiểu thêm thông tin. Sau này, khi đứa bé đủ 18 tuổi thì em gái anh có thể liên hệ cơ quan đại diện Việt Nam tại nước sở tại để được hướng dẫn quy định, thủ tục nhập tịch.