Theo đó, Tổng cục Hải quan đã hướng dẫn hoàn thuế nhập khẩu cho sản phẩm thuê gia công tại khu phi thuế quan như sau:
(1) Quy định về hàng hóa trong khu phi thuế quan
Căn cứ khoản 2 Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định hàng hóa xuất khẩu từ thị trường trong nước vào khu phi thuế quan, hàng hóa nhập khẩu từ khu phi thuế quan vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Căn cứ khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.
(2) Các trường hợp được hoàn thuế xuất nhập khẩu
Căn cứ Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định về các trường hợp hoàn thuế.
Căn cứ điểm a khoản 2 Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu trực tiếp cấu thành sản phẩm xuất khẩu hoặc tham gia trực tiếp vào quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu nhưng không trực tiếp chuyển hóa thành hàng hóa được hoàn thuế nhập khẩu.
Căn cứ khoản 2 Điều 22 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định sản phẩm được sản xuất, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan có sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài thì khi nhập khẩu vào thị trường trong nước phải nộp thuế nhập khẩu theo mức thuế suất, trị giá tính thuế của mặt hàng nhập khẩu vào nội địa Việt Nam.
(3) Hướng dẫn hoàn thuế đối với vật tư đưa đi gia công tại khu chế xuất
Căn cứ khoản 3 Điều 17 Thông tư 39/2015/TT-BTC quy định trị giá hải quan của hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam sau khi thuê phía nước ngoài gia công là tiền thuê gia công và trị giá của nguyên vật liệu sử dụng trong quá trình gia công do phía nước ngoài cung cấp thể hiện trên hợp đồng gia công và các khoản điều chỉnh quy định tại Điều 13 và Điều 15 Thông tư này; không tính vào trị giá hải quan sản phẩm sau gia công trị giá của vật tư, nguyên liệu đã xuất khẩu từ Việt Nam đưa đi gia công theo hợp đồng gia công.
Căn cứ quy định nêu trên thì trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất, kinh doanh đã nộp thuế nhập khẩu nhưng không trực tiếp sản xuất toàn bộ hàng hóa mà giao một phần hoặc toàn bộ nguyên liệu, vật tư này cho doanh nghiệp khác thực hiện gia công một hoặc một số công đoạn sau đó nhận lại sản phẩm gia công để tiếp tục sản xuất và xuất khẩu sản phẩm thì không đáp ứng quy định về hoàn thuế nên không được hoàn thuế nhập khẩu đối với phần nguyên liệu, vật tư đưa đi gia công.
Sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã đưa đi gia công tại doanh nghiệp chế xuất sau đó khi nhập khẩu trở lại Việt Nam để tiếp tục sản xuất và xuất khẩu phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định.
Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 và các văn bản hướng dẫn không quy định hoàn thuế nhập khẩu đối với trường hợp doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu cho sản phẩm thuê gia công tại khu phi thuế quan khi nhập khẩu vào nội địa sau đó tiếp tục sản xuất và xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài.
