Về 2 khái niệm bạn nêu - "chuyển quyền sử dụng đất " và " chuyển nhượng lô đất" - thì đó chỉ là cách gọi thực tế, còn về tính chất thì đây chỉ là 1 hoạt động: chuyển nhượng QSDĐ từ người sử dụng đất này sang người sử dụng đất khác.
Khi chuyển nhượng như vậy thì bên chuyển nhượng sẽ phải lập hóa đơn như bình thường; giá trị hàng hóa (QSDĐ) cũng như thuế GTGT của từng phần giá trị các bên xác định theo Điều 7 Thông tư 219/2013/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 26/2015/TT-BTC.
"Điều 7. Giá tính thuế
10. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT..."
Về thuế TNDN thì sẽ thực hiện kê khai theo quy định ở Chương V Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi ở Thông tư 96/2015/TT-BTC). Thuế suất trong trường hợp này là 22%.
Còn về vấn đề xác định tính hợp pháp của hóa đơn thì nếu hóa đơn được thông báo phát hành tại cơ quan thuế, khi lập hóa đơn có đủ các tiêu chí theo quy định tại Điều 19 Thông tư 39/2014/TT-BTC thì nó sẽ là hóa đơn hợp pháp. Việc công ty B không kê khai hóa đơn này thì về nguyên tắc đó là trách nhiệm của bên B, không liên quan đến bên A.
Về thủ tục chuyển nhượng thì chủ yếu chỉ gồm 2 bước là làm hợp đồng (có công chứng) và xin cấp GCN QSDĐ sau khi chuyển nhượng.
Về việc công chứng sẽ thực hiện ở văn phòng công chứng (trừ trường hợp một trong 2 bên có chức năng kinh doanh bất động sản thì không cần phải công chứng).
Sau khi đã công chứng hợp đồng thì công ty nhận chuyển nhượng cần làm thủ tục đăng ký biến động quyền sử dụng đất để ghi nhận việc chuyển nhượng này. Thủ tục đăng ký biến động này thực hiện theo Quyết định 1839/QĐ-BTNMT năm 2014 (thủ tục số 18 phần B1 hoặc thủ tục số 9 phần B2 - tùy thuộc vào việc địa phương đã có thành lập Văn phòng đăng ký đất đai hay chưa).
Khi làm thủ tục sang tên thì bên mua còn cần phải nộp thêm lệ phí trước bạ; lệ phí này sẽ bằng 0,5% giá trị QSDĐ (giá trị QSDĐ được tính theo giá trị chuyển nhượng, trường hợp giá giao dịch thấp hơn bảng giá đất thì sẽ tính theo giá của bảng giá đất địa phương).
