Theo quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC, việc hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng đối với các trường hợp sau:
Một là, cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý. Nếu trong tháng, quý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ dưới 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Hai là, cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế GTGT tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Ba là, số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
Bốn là, các trường hợp xuất khẩu được hoàn thuế là: Đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu là cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu; đối với gia công chuyển tiếp là cơ sở ký hợp đồng gia công xuất khẩu với phía nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài là DN có hàng hóa, vật tư xuất khẩu thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài; đối với hàng hóa xuất khẩu tại chỗ là cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu tại chỗ.
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng quy định, không hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn.
Đối với cơ quan thuế, thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế, gian lận thương mại trong thời gian 2 năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
