Theo quy định tại Nghị định 204/2004/NĐ-CP quy định mức phụ cấp thâm niên được tính căn cứ vào thời gian 05 năm (đủ 60 tháng) làm việc liên tục.
Đồng thời, quy định về các khoản thời gian được hướng dẫn cụ thể tại Khoản 1 Thông tư liên tịch 04/2009/TTLT-BNV-BTC về thời gian làm việc để tính hưởng phụ cấp thâm niên như sau:
"[...]
1. Thời gian làm việc được tính hưởng phụ cấp thâm niên nghề được xác định bằng tổng thời gian sau:
a) Thời gian làm việc được xếp lương theo một trong các ngạch hoặc chức danh của các chuyên ngành hải quan, tòa án, kiểm sát, kiểm toán, thanh tra, thi hành án dân sự, kiểm lâm, kiểm tra Đảng (nếu có thời gian gián đoạn mà thời gian làm việc được tính hưởng phụ cấp thâm niên nghề chưa hưởng trợ cấp bảo hiểm xã hội một lần thì được cộng dồn);
b) Thời gian làm việc được hưởng phụ cấp thâm niên nghề trong quân đội, công an và cơ yếu (nếu có);
c) Thời gian đi nghĩa vụ quân sự theo luật định của các đối tượng quy định tại Điều 1 Thông tư này mà trước khi đi nghĩa vụ quân sự đang được hưởng phụ cấp thâm niên nghề."
Bên cạnh đó, tại Khoản 2 Thông tư liên tịch 04/2009/TTLT-BNV-BTC quy định những khoảng thời gian sau sẽ không được tính hưởng phụ cấp thâm niên nghề gồm:
"[...]
a) Thời gian tập sự;
b) Thời gian thực hiện chế độ công chức dự bị;
c) Thời gian làm các công việc xếp lương theo các ngạch hoặc chức danh ngoài quy định tại Điều 1 Thông tư này;
d) Thời gian làm việc trong quân đội, công an và cơ yếu không được tính hưởng phụ cấp thâm niên nghề;
đ) Thời gian nghỉ việc riêng không hưởng lương liên tục từ 01 tháng trở lên;
e) Thời gian nghỉ ốm đau, thai sản vượt quá thời hạn theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội;
g) Thời gian bị tạm đình chỉ công tác hoặc bị tạm giữ, tạm giam để phục vụ cho công tác điều tra, truy tố, xét xử. [..]"
=> Như vậy, trong trường hợp Bí thư Đảng ủy xã đang được hưởng phụ cấp thâm niên quân sự, và không thuộc các trường hợp không được cộng dồn như trên, thì khi chuyển công tác đến xã khác và vẫn giữ chức danh Bí thư Đảng uỷ thì vẫn được cộng dồn thời gian hưởng thâm niên.
