Về ngày lập hóa đơn thì thực hiện theo quy định của điểm a khoản 2 điều 16 Thông tư 39/2014/TT-BTC chứ không phải là căn cứ theo hợp đồng:
"Điều 16. Lập hóa đơn
...
2. Cách lập một số tiêu thức cụ thể trên hóa đơn
a) Tiêu thức “Ngày tháng năm” lập hóa đơn
Ngày lập hóa đơn đối với bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
Ngày lập hóa đơn đối với cung ứng dịch vụ là ngày hoàn thành việc cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Trường hợp tổ chức cung ứng dịch vụ thực hiện thu tiền trước hoặc trong khi cung ứng dịch vụ thì ngày lập hóa đơn là ngày thu tiền.
Ngày lập hóa đơn đối với hoạt động cung cấp điện sinh hoạt, nước sinh hoạt, dịch vụ viễn thông, dịch vụ truyền hình thực hiện chậm nhất không quá bảy (7) ngày kế tiếp kể từ ngày ghi chỉ số điện, nước tiêu thụ trên đồng hồ hoặc ngày kết thúc kỳ quy ước đối với việc cung cấp dịch vụ viễn thông, truyền hình. Kỳ quy ước để làm căn cứ tính lượng hàng hóa, dịch vụ cung cấp căn cứ thỏa thuận giữa đơn vị cung cấp dịch vụ viễn thông, truyền hình với người mua.
Ngày lập hóa đơn đối với xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
Trường hợp giao hàng nhiều lần hoặc bàn giao từng hạng mục, công đoạn dịch vụ thì mỗi lần giao hàng hoặc bàn giao đều phải lập hóa đơn cho khối lượng, giá trị hàng hóa, dịch vụ được giao tương ứng.
Trường hợp tổ chức kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng có thực hiện thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng thì ngày lập hóa đơn là ngày thu tiền.
..."
Còn hợp đồng ờ đây chỉ mang giá trị giải thích, giải trình cho tính hợp lý của hóa đơn nếu cơ quan thuế có thắc mắc chứ không phải là căn cứ để xác định thời điểm lập hóa đơn.
Tất nhiên, ngày giao hàng hóa hay ngày kết thúc dịch vụ hay ngày bàn giao công trình xây dựng ... thì thường sẽ phải phù hợp với hợp đồng, nhưng không thể loại trừ trường hợp chậm giao hàng, công trình, chậm hoàn thành dịch vụ...
Và nếu như có việc chậm này xảy ra (dẫn đến hóa đơn sẽ phải xuất sau ngày kết thúc hợp đồng trên giấy tờ - là ngày thực tế giao hàng, hoàn thành dịch vụ, giao công trình ...) thì doanh nghiệp cần có tài liệu giải thích việc đó để hóa đơn được xác định là lập đúng thời điểm (vd biên bản giao hàng, bàn giao công trình, hoàn thành dịch vụ ... có ngày tháng cụ thể trên đó).
