Đây là một trong những nội dung trọng tâm được đề cập trong Nghị định 66/2021/NĐ-CP quy chi tiết thi hành một số điều của luật phòng, chống thiên tai và luật sửa đổi, bổ sung một số điều của luật phòng, chống thiên tai và luật đê điều. Tại Điều 25 Nghị định này có quy định về cơ cấu tổ chức của Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai như sau:
Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai do Thủ tướng Chính phủ thành lập, làm nhiệm vụ điều phối liên ngành giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trong việc tổ chức, chỉ đạo, điều hành công tác phòng ngừa, ứng phó và khắc phục hậu quả thiên tai trên phạm vi cả nước. Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai được sử dụng con dấu riêng để thực hiện các nhiệm vụ của Ban. Các thành viên của Ban hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm.
Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai gồm các thành viên:
+ Thủ tướng Chính phủ hoặc Phó Thủ tướng Chính phủ làm Trưởng ban, cụ thể do Thủ tướng Chính phủ quyết định;
+ Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm Phó Trưởng ban thường trực; Các Phó Trưởng Ban khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định;
+ Các ủy viên gồm: Đại diện lãnh đạo các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan trực thuộc Chính phủ; đại diện lãnh đạo Đài Truyền hình Việt Nam, Đài Tiếng nói Việt Nam, Thông tấn xã Việt Nam; Chánh Văn phòng Ủy ban Quốc gia Ứng phó sự cố, thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn;
+ Căn cứ yêu cầu công tác, Trưởng ban Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai mời đại diện lãnh đạo các cơ quan và tổ chức có liên quan: Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam, Trung ương Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Trung ương Hội Chữ thập đỏ Việt Nam và các cơ quan, tổ chức liên quan khác tham gia Ban chỉ đạo quốc gia về phòng chống thiên tai.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai; sử dụng bộ máy của Tổng cục Phòng chống thiên tai và bố trí nhân lực, trang thiết bị, các điều kiện cần thiết để thực hiện nhiệm vụ Văn phòng thường trực của Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai.
Văn phòng thường trực Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai có con dấu, được cấp kinh phí và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để hoạt động. Trưởng ban Ban chỉ đạo quốc gia về phòng chống thiên tai quy định về chức năng, nhiệm vụ và quy chế hoạt động của Văn phòng thường trực Ban chỉ đạo.