Về vấn đề bạn nêu thì tại Khoản 6 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định:
"Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT
...6. Chuyển quyền sử dụng đất."
Như vậy, khi chuyển quyền sử dụng đất thì sẽ không chịu thuế GTGT. Đồng thời, tại Khoản 10 Điều 7 Thông tư 219 có nêu:
"Điều 7. Giá tính thuế
...10. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản trừ (-) giá đất được trừ để tính thuế GTGT.
a) Giá đất được trừ để tính thuế GTGT được quy định cụ thể như sau:
a.4) Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT.
Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng."
Theo quy định trên, khi chuyển nhượng bất động sản thì giá tính thuế GTGT sẽ là giá chuyển nhượng đất TRỪ ĐI giá đất được trừ để tính thuế GTGT. Giá đất được trừ trong trường hợp của bạn là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm giá trị tài sản gắn liền với đất. Bạn xem xét cụ thể lại trường hợp của công ty mình, khi nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất này từ tổ chức, cá nhân thì giá đất tại thời điểm đó là bao nhiêu để xác định giá đất được trừ ra khi tính thuế GTGT.
