Về lệ phí môn bài thì theo quy định sẽ phát sinh khi thành lập DN. Về việc chuyển loại hình doanh nghiệp (từ công ty cổ phần sang công ty TNHH) thì về tính chất nó cũng là việc thành lập doanh nghiệp (trên cơ sở chuyển đổi từ doanh nghiệp đang tồn tại); vì vậy về nguyên tắc thì cũng phải nộp lệ phí môn bài cho trường hợp này - quy định về miễn lệ phí môn bài không có trường hợp chuyển đổi loại hình DN.
Về hóa đơn GTGT: trường hợp còn hóa đơn không sử dụng hết thì công ty cần hủy hóa đơn theo quy định và nộp thông báo kết quả hủy hóa đơn về cơ quan thuế (không phải là trả hóa đơn về cho thuế):
Theo Điều 29 Thông tư 39/2014/TT-BTC thì:
“Điều 29. Hủy hóa đơn
...
3. Hủy hóa đơn của tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh
a) Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh phải lập Bảng kiểm kê hóa đơn cần hủy.
b) Tổ chức kinh doanh phải thành lập Hội đồng hủy hóa đơn. Hội đồng hủy hóa đơn phải có đại diện lãnh đạo, đại diện bộ phận kế toán của tổ chức.
Hộ, cá nhân kinh doanh không phải thành lập Hội đồng khi hủy hóa đơn.
c) Các thành viên Hội đồng hủy hóa đơn phải ký vào biên bản hủy hóa đơn và chịu trách nhiệm trước pháp luật nếu có sai sót.
d) Hồ sơ hủy hóa đơn gồm:
- Quyết định thành lập Hội đồng hủy hóa đơn, trừ trường hợp hộ, cá nhân kinh doanh;
- Bảng kiểm kê hóa đơn cần hủy ghi chi tiết: tên hóa đơn, ký hiệu mẫu số hóa đơn, ký hiệu hóa đơn, số lượng hóa đơn hủy (từ số... đến số... hoặc kê chi tiết từng số hóa đơn nếu số hóa đơn cần hủy không liên tục);
- Biên bản hủy hóa đơn;
- Thông báo kết quả hủy hóa đơn phải có nội dung: loại, ký hiệu, số lượng hóa đơn hủy từ số… đến số, lý do hủy, ngày giờ hủy, phương pháp hủy (mẫu số 3.11 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư này).”
Hồ sơ hủy hóa đơn được lưu tại tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh sử dụng hóa đơn. Riêng Thông báo kết quả hủy hóa đơn được lập thành hai (02) bản, một bản lưu, một bản gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày thực hiện hủy hóa đơn.
Về quyết toán thuế TNDN: công ty TNHH sẽ chỉ quyết toán thuế TNDN từ thời điểm thành lập công ty. Còn về thời gian phát sinh của công ty cổ phần trong năm 2017 (quý I 2017) thì về nguyên tắc công ty cổ phần đã phải quyết toán rồi (trước khi hoàn thành thủ tục chuyển loại hình công ty), chị vui lòng kiểm tra lại xem công ty cổ phần đã hoàn tất thủ tục này hay chưa.
Về việc chuyển đổi công nợ, tài sản... khi chuyển đổi loại hình công ty thì đây là việc quyết định nội bộ của mỗi công ty, quy định pháp luật không cấm (và thông thường thì khi chuyển đổi loại hình DN thì công ty sau chuyển đổi sẽ kế thừa toàn bộ các tài sản, nghĩa vụ cũa công ty trước đó - tức là chuyển toàn bộ công nợ, tiền,... sang công ty mới như chị nêu).
Ngoài ra, khi thực hiện chuyển đổi công ty như chị nêu thì không cần phải là "thủ tục giải thể và đóng mã số thuế" công ty cổ phần. Công ty TNHH cũng vẫn sử dụng MST của công ty cổ phần như bình thường.
