Việc NLĐ có thu nhập ở nhiều nơi thì nó chỉ ảnh hưởng chủ yếu đến việc khấu trừ thuế hàng tháng, chứ không ảnh hưởng đến cách tính thuế. Cụ thể:
Đối với NLĐ có thu nhập ở nhiều nơi thì họ chỉ được giảm trừ gia cảnh ở 1 nơi (cả giảm trừ gia cảnh cho bản thân và người phụ thuộc).
Theo đó, nếu ở nơi có thu nhập thứ hai, họ cũng ký HĐLĐ từ đủ 3 tháng trở lên thì thuế TNCN sẽ khấu trừ từ đồng thu nhập đầu tiên (cũng khấu trừ theo bảng lũy tiến như bình thường - 5% với 5 triệu đầu tiên, 10% với 5 triệu tiếp theo ...).
Nếu ở nơi có thu nhập thứ hai, họ cũng ký HĐLĐ dưới 3 tháng thì thuế TNCN sẽ khấu trừ nếu thu nhập chi trả từ 2 triệu trở lên:
Căn cứ điểm i khoản 1 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC
"Điều 25. Khấu trừ thuế và chứng từ khấu trừ thuế
1. Khấu trừ thuế
i) Khấu trừ thuế đối với một số trường hợp khác
Các tổ chức, cá nhân trả tiền công, tiền thù lao, tiền chi khác cho cá nhân cư trú không ký hợp đồng lao động (theo hướng dẫn tại điểm c, d, khoản 2, Điều 2 Thông tư này) hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng có tổng mức trả thu nhập từ hai triệu (2.000.000) đồng/lần trở lên thì phải khấu trừ thuế theo mức 10% trên thu nhập trước khi trả cho cá nhân.
Trường hợp cá nhân chỉ có duy nhất thu nhập thuộc đối tượng phải khấu trừ thuế theo tỷ lệ nêu trên nhưng ước tính tổng mức thu nhập chịu thuế của cá nhân sau khi trừ gia cảnh chưa đến mức phải nộp thuế thì cá nhân có thu nhập làm cam kết (theo mẫu ban hành kèm theo văn bản hướng dẫn về quản lý thuế) gửi tổ chức trả thu nhập để tổ chức trả thu nhập làm căn cứ tạm thời chưa khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.
Căn cứ vào cam kết của người nhận thu nhập, tổ chức trả thu nhập không khấu trừ thuế. Kết thúc năm tính thuế, tổ chức trả thu nhập vẫn phải tổng hợp danh sách và thu nhập của những cá nhân chưa đến mức khấu trừ thuế (vào mẫu ban hành kèm theo văn bản hướng dẫn về quản lý thuế) và nộp cho cơ quan thuế. Cá nhân làm cam kết phải chịu trách nhiệm về bản cam kết của mình, trường hợp phát hiện có sự gian lận sẽ bị xử lý theo quy định của Luật quản lý thuế.
Cá nhân làm cam kết theo hướng dẫn tại điểm này phải đăng ký thuế và có mã số thuế tại thời điểm cam kết."
(Ở đơn vị đầu tiên thì khấu trừ thuế TNCN như bình thường).
Còn khi quyết toán thuế TNCN thì cá nhân này sẽ phải tự thực hiện (không ủy quyền), tổng hợp toàn bộ thu nhập từ tiền lương trong năm của mình và các khoản giảm trừ của ban thân để tính thuế.
