Chào bạn.
Cơ sở là đơn vị hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương với trụ sở của cơ sở chính như chi nhánh, cửa hàng... trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, căn cứ vào hoá đơn đầu vào, đầu ra của hàng hoá nhận điều chuyển và hàng hoá do cơ sở trực tiếp mua vào, bán ra để kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi cơ sở phụ thuộc đóng trụ sở.
Cơ sở kinh doanh có các đơn vị hạch toán phụ thuộc phải kê khai tạm nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % tại địa phương khác nơi đặt trụ sở chính thì cơ sở kinh doanh có trách nhiệm kê khai với cơ quan thuế nơi đặt trụ sở chính về tổng số thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, số thuế phải nộp, số thuế GTGT đã nộp trên tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ đã tiêu thụ (bao gồm cả số thuế đã nộp theo tỷ lệ % đối với công trình, hạng mục công trình, doanh thu tiêu thụ hàng hoá, dịch vụ tại tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác), số thuế còn phải nộp vào NSNN.
(Khoản 2.5 và 2.17 phần II Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày 09/04/2007 Hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003, Nghị định số 148/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 và Nghị định số 156/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng).
Như vậy, bạn vẫn phải kê khai tạm nộp thuế GTGT sau đó được khấu trừ, số thuế phải nộp, số thuế GTGT đã nộp trên tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ đã tiêu thụ thực tế.
Một số ý tra đổi cùng bạn. Bạn có thể tham khảo thêm nội dung chi tiết tại Thông tư nói trên.
Thân.