Miễn giảm thuế TNDN

Công ty tôi được thành lập năm 2002 để thực hiện dự án đầu tư - xây dựng và kinh doanh nhà ở. Tại thời điểm thành lập Công ty chịu sự điều chỉnh của Luật thuế TNDN năm 1997 trong đó có quy định doanh nghiệp được miễn thuế TNDN 2 năm giảm 2 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế.
Năm 2006 Công ty mới có thu nhập chịu thuế từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất và bán nhà (đây là hoạt động kinh doanh chính và duy nhất).
Năm 2008 Thanh tra tỉnh tiến hành thanh tra tại Công ty và tham mưu cho UBND tỉnh Quyết định:
- Hoạt động bán nhà được miễn giảm thuế.
- hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất không được miễn giảm (theo Luật thuế TNDN năm 2003) theo đó truy thu thuế TNDN từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất và phạt chậm nộp.

Xin hỏi Quyết định của UBND tỉnh có đúng không vì tôi được biết nguyên tắc của Luật là bất hồi tố có nghĩa là Luật ban hành sau nếu gây thiệt hại cho hành vi phát sinh từLuật ban hành trước thì đối tượng chịu sự điều chỉnh được hưởng chính sách của Luật trước. Nếu có lợi hơn thì được áp dụng luôn.

Xin hỏi bạn nqtrang: Luật thuế thu nhập doanh nghiệp năm 1997 có cụm từ "Kể từ khi có thu chịu thuế" có ý nghĩa gì  ? Giả sử bạn vay vốn của Ngân hàng, Hợp đồng tín dụng quy định lãi suất cố định nhưng sau đó vì lãi suất trên thị trường liên tục tăng nên ngân hàng cũng điều chỉnh tăng lãi suất đối với bạn thì bạn có chấp nhận không ? Dự án đầu tư xây dựng khu dân cư, khu đô thị không phải ít vốn, chu kỳ kinh doanh kéo dài nhiều năm nếu chính sách thay đổi như vậy thử hỏi ai giám đầu tư ????