Theo quy định tại khoản 5 điều 21 nghị định số 29/2008/NĐ – CP ngày 14/03/2008 quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế thì quan hệ mua bán giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp bên ngòai khu chế xuất được coi là quan hệ xuất nhập khẩu.
Căn cứ theo khoản 3 điều 2 nghị định số 149/2005/NĐ – CP ngày 08 tháng 12 năm 2005 thì hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan là đối tượng không chịu thuế.
Việc doanh nghiệp của em có bán sản phẩm vào thị trường nội địa được hay không phụ thuộc vào giấy phép đầu tư. Em kiểm tra trong giấy phép đầu tư của em có đăng ký tỷ lệ sản phẩm tiêu thụ nội địa hay không? Nếu có, doanh nghiệp có thể xuất khẩu sản phẩm đó vào thị trường nội địa và theo luật đó là quan hệ xuất nhập khẩu. Sau khi có tờ khai thực xuất, nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng thì dòng thuế suất thuế giá trị gia tăng bằng 0%, thuế suất thuế xuất khẩu, em căn cứ vào biểu thuế xuất khẩu. Tuy nhiên, hiện nay chưa có văn bản hướng dẫn rõ về cách ghi hóa đơn giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu vào thị trường nội địa của doanh nghiệp chế xuất nên em có thể liên hệ với Phòng tuyên truyền, hỗ trợ về thuế tại Cục thuế TP. Hồ Chí Minh để được hướng dẫn thêm.